Stefanie Pöggeler studierte an der Ruhr Universität Bochum Biologie und promovierte dort am Lehrstuhl für Allgemeine und Molekulare Botanik bei Ulrich Kück. Während ihrer Doktorarbeit untersuchte sie Intron-kodierte Reverse Transkriptasen und Endonukleasen aus Algen und Pilzen. Nach einem Forschungsaufenthalt an der Université Paris Sud habilitierte sie sich im Jahr 2000 an der Ruhr-Universität Bochum über die Regulation der sexuellen Fortpflanzung bei Pilzen. Nach Tätigkeitigkeiten als Hochschuldozentin in Bochum und einer Vertretungsprofessur an der Westfälischen Wilhelms- Universität Münster wurde sie 2006 zur Universitätsprofessorin an die Georg-August-Universität Göttingen berufen.
Sie leitet dort die Abteilung Genetik Eukaryotischer Mikroorganismen am Institut für Mikrobiologie tätig. In ihrer Forschung beschäftigt sie sich mit der Fruchtkörperentwicklung von Hyphenpilzen, wobei genetische und zellbiologische Arbeiten zur Autophagie und zur Signaltransduktion im Vordergrund stehen. Ihre Schwerpunkte in der Lehre sind Genetik, mikrobielle Zellbiologie und Biotechnologie in den Bachelorprogrammen Biologie, Biochemie und Biodiversität sowie in den Masterprogrammen Molecular Life Science, Molecular Biology, Computational Biology und Master of Education (Biologie).
Seit 2026 leitet sie die GfG als Präsidentin.
